Die ehemalige Klosterkirche befindet sich in der Langstraße 2 und wurde Ende des 17. Jahrhunderts außerhalb der Stadtmauer auf der Fläche des ehemaligen Zollhofes von Kapuzinermönchen errichtet. Dies geschah, nachdem die Katholiken in Bacharach am Rhein 1685 Religionsfreiheit erhalten hatten. Im Mittelalter war der Standort des Zollhafens als Bastion ausgebaut. Die Schiffe fuhren bis zum Zollplatz heran, um ihren Rheinzoll zu bezahlen. Zwischen 1689 und 1705 wurde das Klostergebäude gebaut. Die dazugehörige Kirche St. Nikolaus besteht aus einem schlichten Saalbau. Der ehemalige Mönchschor im Osten wird durch einen verschieferten Dachreiter betont. Wie viele der Klosterkirchen des franziskanischen Ordens der Kapuziner hat die Kirche keinen repräsentativen Kirchturm. In einer Nische der östlichen Außenwand der heutigen Pfarrkirche steht als Schmuck eine Statue des Kirchenpatrons sowie Schutzpatrons der Schiffsleute St. Nikolaus. Im Zuge der Säkularisation wurde das Kloster aufgehoben. Das Gotteshaus übte ab 1802 nur noch die Funktion einer Pfarrkirche aus. Die ehemaligen Klostergebäude wurden 1977 durchgreifend renoviert und in mehreren Bauabschnitten zu einer Pfarrwohnung und einem Pfarrheim für die katholische Kirchengemeinde St. Nikolaus umgebaut.