Das zweigeteilte Wappen von Bacharach mit dem steigenden gekrönten, rotbewehrten Löwen in Gold im oberen schwarzen Feld und den weiß-blauen Rauten im unteren Feld entspricht in seiner Gestaltung dem Großen Viertälersiegel. In der Umschrift sind die Täler einzeln benannt:

S(IGILLUM) ? VALLIU(M) ? BACHERACH ? DIPPACH ? STEGE ? MANNEBACH

Das Siegel (hier in der Umzeichnung) befindet sich an der Kreuzbrüder-Urkunde Nr. 22 vom 24. Juni 1505 im Historischen Archiv der Stadt Köln. Der Durchmesser beträgt 5,9 cm. 
Bacharach, Diebach, Steeg und Manubach durften sich als „Täler“ bezeichnen, da ihnen vom Landesherrn besondere Freiheiten gewährt worden waren, die sie in eine stadtähnliche Stellung erhoben. „Tal“ ist in diesem Fall kein geografischer, sondern ein verfassungsrechtlicher Begriff.

Das Viertälergebiet gehörte wohl schon seit dem frühen Mittelalter zum Besitz der Kölner Kirche und bildete eine Einheit bezüglich Gerichtsbezirk, Pfarrei und Gemeinde. Aber erst eine Urkunde aus dem Jahr 1094, in welcher der Erzbischof von Köln dem St. Andreasstift in Köln die Rechte über die Bacharacher Pfarrkirche überträgt, dokumentiert dies. Bacharach und die Burg Stahleck entwickelten sich zum Zentrum der Pfalzgrafschaft bei Rhein. 

1194 nahm der Welfe Heinrich, Sohn Heinrichs des Löwen, Agnes, die Tochter des Pfalzgrafen Konrad von Hohenstaufen, auf Burg Stahleck zur Frau. Ihre Tochter, die ebenfalls den Namen Agnes trug, wurde noch als Kind mit dem sechsjährigen Otto, Sohn des zunächst mit den Welfen verbündeten Herzog Ludwig I. von Bayern, verlobt. 1214 belehnte der vor zwei Jahren in Frankfurt zum König gekrönte Friedrich II. den inzwischen mit den Staufern verbündeten Ludwig I. mit der Pfalzgrafschaft bei Rhein, die er bis zur Mündigkeit seines Sohnes Otto innehatte. Die Pfalz bei Rhein kam somit für viele Jahrhunderte in den Besitz der bayerischen Wittelsbacher.

Agnes und Otto heirateten um das Jahr 1222 in Worms und residierten in Heidelberg. 1231 übernahm Otto II. nach dem Tod seines Vaters die Regierung und führte einen gekrönten Löwen in seinem neuen Wappen. Die Aufnahme des gekrönten Löwen in das Wappen scheint mit der Herrschaft Ottos II. über die Pfalz bei Rhein 1228/29 zusammenzuhängen. Über die Herkunft dieses Löwen gehen die Meinungen auseinander. Einige Historiker vermuten, dass es sich um den staufischen Löwen handelt, da die Pfalzgrafschaft bis 1195 in staufischer Hand war. Andere glauben, dass Otto II. seinen Regierungsantritt zum Anlass nahm, das alte Stammwappen mit den Zickzackbalken durch ein völlig neues, eben jenes mit dem gekrönten Löwen, zu ersetzen. Er führte dieses Wappen als Pfalzgraf bei Rhein und fasste es auch als Hauswappen der Wittelsbacher auf. Der Löwe wurde bald vom gesamten wittelsbachischen Hause als Geschlechterwappen geführt. 

Neben den Löwenschild trat um die Mitte des 13. Jh. der Schild mit den silber-blau (bzw. weiß-blau) geschrägten Rauten. Es war das Wappen der Grafen von Bogen, die beiderseits der Donau zwischen Regensburg und Deggendorf reich begütert waren. Ludwig I. vermählte sich mit der Witwe des Grafen Albert III. von Bogen, dennoch starb das Geschlecht 1242 aus. 

Löwen- und Rautenschild sind 1271 nebeneinander auf einem Reitersiegel Heinrichs XIII., Herzog von Niederbayern, zu sehen.

Eine Verbindung beider Wappenelemente findet sich erstmals in einem Sekretsiegel Ruprechts II. aus dem Jahre 1347. In Abwesenheit des Siegelinhabers siegelte man mit dem sogenannten Sekretsiegel, das von den Beamten der Kanzlei verwendet und sicher verwahrt wurde. Es war kleiner und diente als Ersatz für das abwesende Große Siegel des Landesherrn, meist wurde es für Alltagsgeschäfte benutzt. 

Auch im Großen Viertälersiegel sind Löwe und Rauten vereint. Das Siegel wurde wahrscheinlich schon zur Zeit der Einführung der Viertäler-Ratsverfassung 1356 geführt, denn dort erklären die Pfalzgrafen Ruprecht I. und Ruprecht II.:
Waz auch vor unserem rade gehandelt und gededinget wirt und mit des rades ingesiegel besiegelt wirt, daz sal man stede, veste und unzirbruchlich halten und haben, als liep yn unser gnade und hulde sin zu behalten.

Mit diesem Siegel beglaubigten die Ratsbürgermeister der Viertäler rechtsverbindliche Willenserklärungen. Aus dem Siegel entwickelte sich das Bacharacher Wappen, das als Eigentums- und Hoheitszeichen die Rechte der Pfalzgrafen aus dem Hause Wittelsbach betonte, aber nicht länger die Rechte des Kölner Erzbischofs als Grundherrn berücksichtigte. Tatsächlich wurde der kurkölnische Einfluss immer weiter zurückgedrängt, bis sich das Kölner St. Andreasstift 1558 gezwungen sah, sämtliche Güter und Rechte an die pfälzischen Kurfürsten zu verkaufen. 

Quellen:

Diederich, Toni: Rheinische Städtesiegel. Bacharach, Diebach, Steeg und Manubach.   Großes Siegel der Viertälergemeinde, in: Rheinischer Verein für Denkmalpflege und Landschaftsschutz, Jahrbuch 1984/85, Neuss 1984, S. 174ff.

Linz, Karl-Ernst: Das große Viertälersiegel, in: Heimatblätter zur Geschichte der Stadt Bacharach und der Viertäler, Nr. 27, April 2006, S. 13ff.